Фамилия Шегемов — редкая и с непрозрачным корнем, что сразу делает её интересной для этимолога. Судя по суффиксу -ов, она образована по классической русской патронимической модели: от личного прозвища или имени Шегем, которое принадлежало предку-мужчине. Вопрос в том, что скрывается за основой «шегем».

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий (например, в карачаево-балкарском, кумыкском) слово «шегем» или близкие к нему формы означают «мой господин», «мой повелитель», «мой князь». Это могло быть почтительным обращением или прозвищем, которое закрепилось за человеком влиятельным, уважаемым либо, наоборот, за слугой, получившим такое прозвище от хозяина. География фамилии подтверждает эту гипотезу: Шегемовы чаще всего встречаются на Северном Кавказе, особенно в Кабардино-Балкарии и соседних регионах, где исторически сильны тюркские и кавказские языковые влияния.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от адыгского (черкесского) имени или прозвища. В адыгских языках есть корни, которые могут звучать как «шегем», но их значение размыто и не имеет однозначной словарной фиксации. Если эта версия верна, то фамилия могла возникнуть в среде горских народов, а затем обрусела через суффикс -ов при переходе в русское делопроизводство.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна тем, что в ней отсутствует типичный для русских фамилий «смягчающий» суффикс (как -ин или -ев). Основа заканчивается на твёрдый согласный «м», поэтому присоединяется стандартное -ов. Это указывает на то, что прозвище Шегем было мужским и не имело формы на -а/-я.

В дореволюционных источниках фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда горские народы активно получали русские фамилии при переписях и воинской службе. Носители фамилии Шегемов — это, вероятно, потомки людей, чьё прозвище или имя звучало как «господин», что было либо комплиментом, либо указанием на социальный статус предка.