Фамилия Шеияков — редкий случай, когда написание вводит в замешательство. На слух она почти неотличима от более распространённой фамилии Шеяков, и велика вероятность, что перед нами один из вариантов её графической передачи. В русской ономастике разница между «Шеияков» и «Шеяков» может быть обусловлена диалектным произношением (так называемое «зияние», когда между гласными появляется йот) или простой ошибкой писаря при записи в метрической книге. Однако если считать написание исходным, то основа здесь та же — «шея».

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а корень «шея» восходит к прозвищу. Прозвище Шея или Шеяк в старину давали человеку с приметной шеей — длинной, короткой, кривой или, наоборот, очень сильной. В говорах «шея» могла иметь и переносное значение: так иногда называли упрямого, настойчивого человека («гнуть свою шею»). В словаре древнерусских личных имён С. Б. Веселовского встречается фамилия Шеин (от того же корня), а прозвище Шея фиксируется в документах XV–XVI веков.

Версия с суффиксом -як (Шеяк) тоже имеет право на существование. В северных и сибирских говорах суффикс -як нередко образовывал прозвища по внешнему признаку: Шеяк — человек с заметной шеей. Со временем отчества Шеяков и Шеияков закрепились как фамилии. Географически фамилия Шеияков встречается точечно, преимущественно на севере европейской части России и в Сибири, что косвенно подтверждает диалектное происхождение.

Таким образом, носитель фамилии Шеияков, скорее всего, потомок человека, которого в крестьянской или посадской среде прозвали за особую шею — будь то физическая черта или склад характера. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известному роду у этой фамилии нет.