Фамилия Шекельбе — редкая и необычная для русского уха, и её происхождение сразу выдаёт нерусские корни. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не оканчивается на -ов, -ин или -ский, а имеет финаль -е, что типично для фамилий тюркского или кавказского происхождения, часто застывших в форме родительного или именительного падежа местного языка.

Скорее всего, основа фамилии восходит к тюркскому слову «шекер» (сахар) или его диалектным вариантам. В карачаево-балкарском, кумыкском и некоторых других языках «шекер» означает «сахар», а «шекерли» — «сладкий», «сахарный». Суффикс -бе может быть искажённым вариантом тюркского «бей» (господин, князь) или осетинского «бе» (указание на принадлежность). Таким образом, Шекельбе могло означать «сладкий господин», «сахарный князь» — прозвище, данное человеку с мягким, приятным характером или, напротив, ироничное прозвание любителя сладкого.

Другая версия, менее вероятная, но возможная, — связь с арабским корнем «шакль» (форма, вид) через тюркское посредничество. В этом случае фамилия могла означать «обладающий определённой внешностью», но такая трактовка не имеет надёжных параллелей в ономастике.

Географически фамилия Шекельбе тяготеет к Северному Кавказу, особенно к районам проживания балкарцев, карачаевцев или кумыков. Встречаемость её в центральной России, скорее всего, связана с миграциями XX века. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия практически не фиксируется, что подтверждает её позднее — по историческим меркам — появление в русскоязычной среде.

Социально носители фамилии, вероятно, происходят из горских обществ, где прозвища, переходящие в фамилии, часто отражали личные качества или род занятий. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным историческим родам у Шекельбе нет — это фамилия, возникшая из бытового прозвища, что типично для большинства фамилий этого региона.