Фамилия Шекетера — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с речью или поведением. Разбирать её по стандартной схеме «корень + суффикс» не совсем верно, потому что перед нами не типичная русская модель на -ов/-ин, а застывшая форма, вероятно, украинского или белорусского происхождения.

Самое правдоподобное объяснение ведёт к диалектному глаголу «шекетерать» или «шекерить» — то есть говорить невнятно, бормотать, тараторить или, наоборот, шепелявить. В некоторых говорах так называли человека с неразборчивой, быстрой речью. Суффикс -ера в прозвищах (сравните: мямля, ворчун, таратора) усиливает оттенок действия или свойства: Шекетера — это «тот, кто шекерит», болтун, скороговорка или просто обладатель нестандартного произношения. Менее вероятна, но допустима связь с украинским «шекет» (шум, гам) — тогда прозвище могло означать шумного, беспокойного человека.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Шекетера не даёт подсказок о сословии предка. Такие прозвищные фамилии встречались и у крестьян, и у казаков, и у мещан — географическая привязка здесь важнее социальной. Поскольку основа нехарактерна для центральной России, наиболее вероятный ареал бытования фамилии — западные области: Брянщина, Смоленщина, а также Украина и Беларусь. Встречается она и в еврейской среде, но там это, скорее всего, более поздняя адаптация идишского или ивритского корня (например, от «шахтер» — резник, или от местечкового прозвища), что требует отдельной проверки по архивным записям.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе почти нет, что подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер. Шекетера — не переосмысление чужого имени, а живое прозвище, которое закрепилось за конкретным человеком и его потомками. Если ваши предки носили эту фамилию, стоит искать их в метрических книгах западных губерний Российской империи — скорее всего, они были либо крестьянами, либо мещанами небольших местечек.