Фамилия Шехоботкин — редкий образец русской фамилии, в основе которой лежит не имя и не профессия, а прозвище, связанное с характером или манерой поведения. Её ядро — слово «шехобот» или «шихобот», которое в старых говорах означало беспокойного, суетливого, непоседливого человека, того, кто «шехоботится» — ерзает, суетится без толку. В словаре Владимира Даля есть глагол «шехоботить» — докучать, тревожить, а «шехоботник» — беспокойный человек. Таким образом, Шехоботкин — это «сын Шехоботки», то есть потомок человека, получившего такое прозвище за непоседливость или назойливость.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность (чей? — Шехоботкин), и в русской ономастике этот суффикс чаще встречается в северных и центральных регионах, хотя фамилия не привязана строго к одной местности. Встречаются варианты написания: Шехаботкин, Шихоботкин, что связано с диалектным произношением — чередованием «е»/«и» в безударной позиции.

В сословном отношении Шехоботкины, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилия не дворянская — в родословных книгах она не отмечена, и её простота говорит о происхождении из среды, где прозвища давали по бытовым чертам. Интересно, что однокоренные фамилии (Шехоботов, Шихобалов) тоже редки, что делает Шехоботкина своеобразным маркером: если вы носите эту фамилию, ваши предки жили в небольшой локальной группе, где прозвище закрепилось именно в такой форме.

Других версий происхождения, кроме прозвищной, практически нет. Попытки связать фамилию с тюркскими корнями (например, с «шах» или «бог») несостоятельны — слово «шехобот» чисто русское, диалектное, и не имеет ничего общего с восточными титулами. Фамилия Шехоботкин — живое свидетельство того, как меткое народное слово, описывающее характер, становилось фамильным именем на века.