Фамилия Шекихачева — редкий пример, где географическое происхождение просматривается почти наверняка, а вот что скрывается за основой — вопрос, требующий разбора. В ней сразу бросается в глаза тюркский элемент «шеки», который чаще всего указывает на азербайджанский город Шеки (древняя Шака). Житель этого города по-азербайджански — шекили, а в русской передаче фамилия могла закрепиться как Шекихачев.

Суффикс «-хачев» в этой фамилии — нестандартный. В русской ономастике есть суффикс принадлежности «-ичев» (от отчества на «-ич»), но здесь мы видим сочетание «-хачев». Скорее всего, это адаптация тюркского компонента. В азербайджанских и дагестанских фамилиях распространен формант «-ханов» (от титула «хан»), но в русской записи он мог трансформироваться. Вероятно, основа «Шекихан» означала «хан из Шеки» или «правитель, владетель в Шеки». Тогда Шекихачев — это «потомок Шекихана», а окончание «-а» в женском варианте Шекихачева указывает на принадлежность к роду.

Есть и более прозаичная версия. В тюркских языках слово «шекер» (сахар) или «шакир» (ученик) могли дать прозвища, но в сочетании с «-хач» это маловероятно. «Хач» по-тюркски — крест, но фамилия явно мусульманского, а не христианского ареала. Поэтому версия с городом Шеки и титулом «хан» остается основной.

Географически фамилия Шекихачева тяготеет к Северному Кавказу и Закавказью. Носители встречаются среди азербайджанцев, лезгин, а также в среде горских евреев (там форма могла быть Шакиханов). В русских документах фамилия закрепилась, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда выходцы из Шеки переселялись в Российскую империю и получали фамилии по месту происхождения с добавлением «-ов»/«-ев». Таким образом, предок носителя фамилии Шекихачева с высокой вероятностью был человеком, связанным с городом Шеки — либо его уроженцем, либо местным владетелем.