Фамилия Шекиханов — редкий случай, когда в основе лежит не личное имя или профессия, а географическое название, но с неожиданным поворотом. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не тюркский «шекер» (сахар) и не арабское «шейх» (старейшина, духовный лидер). Скорее всего, фамилия образована от топонима Шеки — древнего города на севере современного Азербайджана, известного с античных времен. В пользу этой версии говорит и ареал бытования: Шекихановы встречаются в основном на Северном Кавказе и в Закавказье, среди народов, исторически связанных с этим регионом — азербайджанцев, кумыков, лезгин.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая была распространена среди знати и чиновничества на Кавказе в XIX — начале XX века. Приставка «хан» в середине фамилии — не случайность. В тюркских языках «хан» означает правителя, князя. Таким образом, Шекиханов — это не просто «выходец из Шеки», а «правитель из Шеки» или «потомок шекинского хана». Фамилия могла закрепиться за представителями местной аристократии, чьи предки управляли Шекинским ханством, существовавшим до присоединения к Российской империи в 1819 году.

Встречается вариант написания Шекихан-ов, где двойной суффикс подчеркивает двойную принадлежность: к месту (Шеки) и к титулу (хан). Встречаются и единичные случаи написания через «а» — Шакиханов, что может быть результатом диалектного произношения или ошибки писаря. В любом случае, это фамилия-маркер: она сразу указывает на высокий социальный статус предков и их связь с одним из древних очагов цивилизации Закавказья.