Фамилия Шектыбаева образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. Однако её корень указывает на тюркское, скорее всего казахское, происхождение. Это женская форма фамилии Шектыбаев, а мужская, соответственно, Шектыбаев.

В основе фамилии лежит сложное имя или прозвище Шектыбай. Первая часть — «шекты» — может восходить к слову «шек» (граница, предел, край) или к глаголу «шегу» (резать, кроить). В тюркских языках есть и значение «щека», «бок», «сторона». Вторая часть — «бай» — в прошлом означала «богач», «господин», «хозяин», а в именах указывала на пожелание богатства и статуса. Таким образом, имя Шектыбай могло означать «богатырь с широкими плечами» (от «шек» как часть тела) или «тот, кто устанавливает границы» (от «шек» как предел). В казахской ономастике имена с компонентом «бай» были очень распространены, особенно до середины XX века.

Словообразовательная модель типична для фамилий, появившихся у народов Средней Азии и Казахстана при контакте с русской административной системой. Фамилию давали по имени отца: Шектыбай → сын Шектыбая → Шектыбаев. В русской записи конечный твёрдый согласный основы (й) не смягчается, поэтому суффикс -ев, а не -ёв.

Географически фамилия Шектыбаева наиболее вероятна для южных и западных регионов Казахстана, а также для Оренбургской и Астраханской областей России, где исторически жили казахи. Встречается она редко, что говорит о её локальном характере — возможно, она происходит из конкретного рода или аула.

Сословного статуса носителей фамилии по корню определить нельзя: «бай» не обязательно указывал на реальное богатство, это могло быть именем-пожеланием. Скорее всего, предки Шектыбаевых были скотоводами или земледельцами, а сама фамилия закрепилась за ними в XIX — начале XX века при переписях и паспортизации.