Фамилия Шелкайтите — литовская по происхождению, что видно сразу по окончанию -ите. В литовском языке суффикс -aitė (на письме часто -ите) указывает на незамужнюю женщину, дочь. Полная фамилия мужчины в этом роде будет Шелкайтис (Šelkaitis). Так что Шелкайтите — это буквально «дочь Шелкайтиса» или «девушка из рода Шелкайтисов». Такая форма сохранилась в документах и быту благодаря литовской традиции: женские фамилии меняются в зависимости от брачного статуса, и -ите — девичий вариант.

Основа фамилии — литовское слово šelkti, которое означает «бродить», «шататься», «слоняться без дела». Отсюда же šelka — «бродяга», «гуляка». Прозвище Шелкайтис могли дать человеку непоседливому, любящему странствовать или, наоборот, тому, кто часто менял место жительства. Вряд ли это была отрицательная характеристика в современном смысле — скорее, меткое бытовое прозвище, которое закрепилось за родом.

С географической точки зрения фамилия типична для северо-восточной Литвы, особенно для Жемайтии и Аукштайтии. Встречается и в Латвии, но реже, с латышским окончанием -aitis. В России и Беларуси носители фамилии Шелкайтите появлялись в основном в XX веке, в результате миграций литовцев в советское время. В польских метриках XIX века фамилию могли записывать как Szełkajtis, подстраивая под польскую графику.

Надо отметить, что путать с похожей русской фамилией Шелканов не стоит: у них разная этимология. Шелканов восходит к тюркскому имени или прозвищу, а Шелкайтите — чисто балтская, с прозрачной внутренней формой. Если вы ищете свои корни, стоит обратить внимание на метрические книги костёлов Литвы конца XIX — начала XX века: именно там фамилия фиксировалась в исходном виде.