Фамилия Шелюстенко — украинская по модели образования и, скорее всего, по происхождению. Суффикс -енко, характерный для восточной и центральной Украины, указывает на патроним: так называли сына (или потомка) человека по имени или прозвищу Шелюст. В буквальном смысле Шелюстенко — «чей-то сын Шелюст».

Сам корень «шелюст» — тёмный и редкий. В украинских говорах есть слово «шелюст» (или «шолуст»), которое означает «шелуха», «лузга», «сухая кожура», а также «сорная трава», «бурьян». Прозвище Шелюст могли дать человеку за худобу, неопрятность или за то, что он жил в зарослях бурьяна. Но возможна и другая версия: «шелюст» — это вариант диалектного «шелест» (звук, шорох). В таком случае прозвище могло относиться к тихому, незаметному человеку, который «ходит как шелест», или к тому, кто занимался переборкой зерна, лущения — работой, связанной с шелестящими звуками.

В русских говорах слово «шелюст» встречается реже, но есть однокоренные фамилии Шелюстов, Шелюстин, Шелюст. Фамилия Шелюстенко почти не встречается за пределами Украины и юга России, что подтверждает её локальный характер. Географически она тяготеет к Полтавской, Черниговской и Сумской областям — классическому ареалу фамилий на -енко.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -енко (Петренко, Иваненко), основа Шелюст не является христианским именем. Это значит, что прозвище было нецерковным и, вероятно, довольно старым — такие прозвища закреплялись в XVI–XVII веках, когда украинские казаки и крестьяне получали фамилии по бытовым, ироничным или описательным признакам. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или казацким, без дворянских корней.