Фамилия Шемшеня — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а тюркское или, вероятнее, румынское (молдавское) слово. В русском ономастическом поле такие фамилии обычно указывают на южное, степное или приграничное происхождение предка.

Скорее всего, Шемшеня — это русифицированная форма молдавской фамилии Шемшан или Шемшен. Корень восходит к тюркскому «шемшир» (сабля, меч) или к румынскому «şemşir» с тем же значением. Если это так, то прозвище Шемшеня мог получить либо воин, либо оружейник, либо человек с острым, колким характером. В молдавских и украинских говорах встречается и слово «шемшан» — так называли дерево или кустарник с твёрдой древесиной, идущей на рукояти ножей. Тогда фамилия могла быть прозвищем мастера, работающего с этим материалом.

Суффикс -я в окончании — характерная черта украинских, белорусских и южнорусских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Он выполняет ту же роль, что и -ов/-ев: превращает личное прозвище в фамилию. Встречаются варианты произношения с ударением как на первый, так и на последний слог — это зависит от местной говоры.

Географически фамилия Шемшеня привязана к Молдове, Приднестровью, юго-западу Украины (Одесская, Винницкая области) и приграничным районам России. Встречается она крайне редко — в реестрах переписей XIX века её можно найти среди крестьян и мещан Бессарабской губернии. Сословно предки были, скорее всего, свободными землепашцами или ремесленниками, без дворянского титула.

Аналогов в русской среде почти нет. Родственные фамилии — Шемшур, Шемшадин, Шемшаков — все они тяготеют к восточной или южной зоне расселения. Так что Шемшеня — это яркий маркер того, что ваш предок жил на границе славянского и тюркского миров, в зоне, где языки и культуры перемешивались веками.