Фамилия Шепейкина — женская форма фамилии Шепейкин, и её разбор стоит начать с суффикса. Это типичная «-ин» фамилия, образованная от основы, оканчивающейся на согласный или «-а/-я». Такая модель в русской ономастике одна из самых распространённых: она указывала на принадлежность человеку, названному по прозвищу или имени. В основе фамилии лежит слово «шепейка» или «шепей». В диалектах русского языка «шепей» — это колючий кустарник, шиповник, репейник. В переносном смысле так могли прозвать человека колючего, неуживчивого, цепкого или просто того, кто жил рядом с зарослями такого кустарника.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «шепей» означало не только растение, но и плохую, грубую одежду или лохмотья. Тогда прозвище Шепей (или Шепейка) мог получить человек, ходивший в рванье, либо, наоборот, портной, шивший из грубого материала. Версия с растением выглядит правдоподобнее: прозвища по месту жительства или характерным чертам встречаются чаще, чем по качеству одежды.

Фамилия довольно редкая. Её географический центр — южные и центральные области России, особенно Курская, Орловская, Белгородская губернии. Там слово «шепей» в значении «колючий куст» было в ходу. В XIX веке Шепейкины числились преимущественно крестьянами и мещанами, без связи с дворянскими родами. В списках однодворцев (особого сословия, сочетавшего черты крестьян и мелких землевладельцев) эта фамилия тоже встречается.

Суффикс «-ин» подсказывает, что первоначально Шепейкин — это «сын Шепейки». Женская форма Шепейкина, соответственно, означает «дочь или жена Шепейкина». Фамилия не получила широкого распространения за пределами Черноземья, поэтому её носители — это, скорее всего, потомки одного или нескольких родов из одного региона. Если искать однокоренные фамилии, то Шепелёв и Шепель стоят рядом — они образованы от похожих прозвищ, но с другим суффиксом и значением (шепелявый человек). Шепейкина же держится за растение, а не за дефект речи.