Фамилия Шепошникова — женская форма, образованная от мужской Шепошников. В основе фамилии лежит прозвище или профессиональное именование Шепошник. Слово «шепошник» в русских говорах означало мастера по изготовлению или ремонту шепот — так в некоторых регионах называли шёпот, то есть шёпотную одежду, подкладку, а также нечто, связанное с шитьём и перешёптыванием. Однако более вероятная версия связывает эту фамилию с ремеслом: шепошник — это тот, кто делает или чинит шёпот, то есть шёпотную обувь или одежду, либо занимается шёпотом (шепотом) — тонкой работой, требующей тишины и сосредоточенности. В словаре В. Даля «шепошник» упоминается как прозвище для человека, который постоянно шепчется или занимается тайными делами, но в контексте фамилий чаще указывает на конкретное занятие.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шепошников — сын или потомок Шепошника. Форма Шепошникова — женская, по аналогии с другими фамилиями на -ов/-ев. Интересно, что фамилия могла возникнуть в северных и центральных губерниях России, где диалектное слово «шепот» бытовало в значении «шёпот» или «шепоток» — тонкая ткань, подкладка. В этом случае Шепошников — мастер по пошиву такой ткани или торговец ею.

Встречаются и альтернативные версии: некоторые исследователи связывают основу с тюркским «шеп» (мешок, сумка) или с украинским «шептати» (шептать), но для русской фамилии более убедительна связь с ремеслом или прозвищем, основанным на диалектном слове. Фамилия редкая, её носители в основном сосредоточены в Центральной России и Поволжье, что подтверждается данными переписей XIX века, где Шепошниковы упоминаются среди крестьян и мещан.

В отличие от однокоренных фамилий вроде Шептунов или Шепталов, Шепошникова сохраняет более архаичную форму с суффиксом -ник-, что указывает на профессиональное происхождение, а не на простое прозвище. Таким образом, предок современной носительницы фамилии, скорее всего, был ремесленником, работавшим с тканью или кожей, либо человеком, известным своей привычкой шептаться.