Фамилия Шептуненко — яркий пример украинской модели образования фамилий. Её основа — прозвище или профессия предка, а суффикс -енко указывает на происхождение по мужской линии: буквально «маленький Шептун» или «сын Шептуна». Это типичный восточноукраинский патроним, массово закрепившийся в XVI–XVII веках в среде казачества и крестьянства.

Корень фамилии — «шептун». В русских и украинских говорах так называли того, кто постоянно шепчется, говорит тихо, либо того, кто заговаривает, знахаря. В народной культуре шептунами нередко именовали колдунов или ворожеев, которые лечили «шёпотом» — наговаривали заговоры на болезни. Однако в бытовом смысле прозвище могло пристать и к просто тихому, скрытному человеку, или к тому, кто любил сплетничать «по секрету».

Суффикс -енко — самый частый в украинской антропонимии. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые означали принадлежность («чей?»), украинские на -енко подчёркивали родство по отцу («чей сын?»). Это указывает на то, что предок носителя фамилии жил на территории современной центральной или восточной Украины, возможно в Полтавской, Черкасской или Сумской области, где такие фамилии особенно распространены.

Интересно, что фамилия Шептуненко не имеет аристократических параллелей. В дворянских родословных книгах она не встречается — это фамилия простого сословия: казаков, мещан, крестьян. Её носители, вероятно, не принадлежали к знати, но могли быть уважаемыми в своей общине людьми — знахарями или старожилами, чей голос решал сельские споры.

В современной России фамилия встречается редко, но не исчезла. Её можно найти в Краснодарском крае, Ростовской области и в Сибири — в местах переселения украинцев в XIX–XX веках. Написание устойчивое: Шептуненко, без вариантов с двойными согласными или заменой гласных. Это говорит о том, что фамилия не прошла через канцелярские искажения, характерные для «говорящих» прозвищ.