Фамилия Шердюкова — женская форма фамилии Шердюков. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Шердяк (с суффиксом -юк, характерным для украинской, белорусской и южнорусской традиции). Суффикс -ов присоединился уже при оформлении фамилии по русской модели, что указывает на возможную миграцию носителей или смешение культурных норм.

Главная трудность — в расшифровке корня «шерд». В русских говорах слово «шерда» или «шердь» означает жердь, шест, а также тонкое бревно или слегу. Прозвище Шердяк могли дать человеку высокому и худому, напоминающему жердь, либо плотнику или строителю, работавшему с такими материалами. В ономастике есть параллели: фамилия Шердяков (зафиксирована в словарях) и более редкая Шердюков — обе образованы от одного корня, но разными суффиксами (-як и -юк).

Вторая версия, менее вероятная, связывает «шерд» с диалектным «шерда» в значении «щепка, заноза» — тогда прозвище могло относиться к человеку с острым, колким характером. Однако для фамилии Шердюкова, где суффикс -юк уменьшительно-ласкательный или патронимический (сын Шердя), версия с «жердью» выглядит надёжнее: она объясняет и форму, и распространённость подобных прозвищ в крестьянской среде.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где суффикс -юк встречается чаще всего. Встречаемость Шердюковых низкая, что говорит об узколокальном происхождении — возможно, от одного родоначальника в конкретном селе или слободе. Сословно это, скорее всего, крестьяне или однодворцы, поскольку ремесленные и бытовые прозвища в дворянской среде почти не встречались.

Однокоренные фамилии — Шердяев, Шердинов, Шердаков — показывают, как менялся суффикс в зависимости от региона. Шердюкова стоит в этом ряду как пример южнорусского варианта с типичным «украинизирующим» окончанием, которое со временем адаптировалось под общерусскую фамильную норму.