Фамилия Шерцингер — почти наверняка немецкая или австрийская по происхождению, а не славянская, несмотря на то, что встречается в России. Её основа — немецкая топонимическая модель с суффиксом -er, который указывает на выходца из определённого места. Корень «Шерцинг» (Scherzing) — это название нескольких небольших населённых пунктов в немецкоязычных землях. Самый известный — деревня Шерцинг в коммуне Мюнхвилен (кантон Тургау, Швейцария), а также одноимённые хутора в Баварии и Австрии. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был человеком, который переселился оттуда и получил прозвище «Шерцингер» — то есть «из Шерцинга».

Суффикс -er в немецких фамилиях работает так же, как русский суффикс -ский в фамилиях вроде «Московский» или «Тверской». Он прикрепляется к названию места и обозначает принадлежность к нему. В России фамилию Шерцингер могли получить потомки немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в Поволжье или на юг империи в XVIII–XIX веках. Немецкие переселенцы часто сохраняли свои фамилии в исходном виде, хотя русская бюрократия могла искажать написание — например, вместо Scherzinger появлялось Шерцингер.

В самой Германии и Австрии фамилия Scherzinger встречается нечасто, но стабильно. Её этимология прозрачна: топоним Scherzing, в свою очередь, восходит к личному имени Scirzo (древневерхненемецкое прозвище, означающее «шутник» или «весельчак») с добавлением суффикса -ing, обозначающего «люди» или «поселение». То есть первоначально Шерцинг — это «поселение людей Скирцо». Фамилия, таким образом, дважды «географическая»: сначала от имени основателя деревни, потом от названия самой деревни.

В России носители фамилии Шерцингер известны с XIX века, преимущественно среди обрусевших немцев. После 1917 года многие эмигрировали, но часть осталась. Сейчас фамилия редкая, её можно встретить в Москве, Санкт-Петербурге, а также в Сибири, куда немцев высылали в годы войны. Вариантов написания практически нет — фамилия не склонялась и не русифицировалась, что тоже говорит о её позднем и не-славянском происхождении.