Фамилия Шфикова — один из тех редких случаев, где первая буква выдаёт нерусское происхождение. Сочетание «шф» в начале слова для русского языка нетипично: исконные слова с таким стечением согласных отсутствуют. Это сразу указывает на заимствованную основу, скорее всего — из тюркских или кавказских языков.

Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ов- (в женском роде -ова) присоединился к основе «Шфик». Такая фамилия могла возникнуть в среде, где русская административная традиция фиксировала прозвища или имена инородцев по отчеству. Если основа — мужское личное имя или прозвище Шфик, то Шфиков — это «сын Шфика» или «из рода Шфика». В тюркских языках корень «шфик» может восходить к слову со значением «открытый», «ясный» (ср. турецкое şeffaf — прозрачный, но с усечением конечного согласного) или к имени Шафик (араб. «сострадательный»), которое в диалектной передаче потеряло гласный.

Вероятнее, что фамилия Шфикова — женская форма от Шфиков. Мужской вариант Шфиков мог принадлежать, например, татарину, башкиру или представителю народов Северного Кавказа, чьё имя или прозвище при переписи оформили по русскому образцу с суффиксом -ов. Географически такие фамилии чаще встречаются в Поволжье, Приуралье или на Кавказе, но без статистики по конкретному региону сказать точнее сложно.

В русских фамильных списках Шфикова — большая редкость. Это не массовая фамилия вроде Иванова, а скорее локальная, возможно, восходящая к одному роду. Из-за редкости и неочевидной этимологии она представляет интерес для ономастики: здесь русская форма скрывает нерусский корень, который мог звучать иначе в исходном языке.