Фамилия Шгнеквми — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение лежит за пределами привычных славянских моделей. В ней нет ни одного типичного для русских фамилий суффикса (-ов, -ев, -ин, -ский, -их), а само сочетание согласных «шгн» и «квм» нехарактерно для исконно русской фонетики. Скорее всего, перед нами не исконная фамилия, а результат транслитерации или искажения иноязычного имени или прозвища.

Наиболее правдоподобная версия — фамилия могла возникнуть из западноевропейской или прибалтийской фамилии, записанной на слух русскими писцами. Например, немецкая или голландская фамилия вроде Schnegkwehm или Schnegkemie при передаче кириллицей могла превратиться в «Шгнеквми» из-за утраты гласных и перестановки звуков. В таком случае исходная фамилия могла быть связана с географическим названием (топонимом) или профессией. Другой вариант — это искажённая фамилия из финно-угорских языков, где сочетания согласных встречаются чаще: например, в коми или удмуртском прозвище, означающем «кривой нос» или «быстрый шаг», но точных параллелей нет.

Возможен и чисто канцелярский путь: ошибка переписчика при копировании длинной фамилии в метрической книге или ревизской сказке. Скажем, исходная фамилия «Шнекквин» или «Шнегеман» при небрежном прочтении могла сократиться до «Шгнеквми» — потеряв несколько букв и слившись в нечитаемый конгломерат. В пользу этой версии говорит то, что в русских архивах XIX века встречаются единичные записи с похожими наборами согласных, которые позже не закрепились.

Словообразовательная модель отсутствует: фамилия не делится на корень и суффикс. Если пытаться выделить основу, то «шгнекв» — это, вероятно, искажённая часть исходного слова, а «ми» — остаток окончания или уменьшительного суффикса (ср. немецкое -em, -en). Из-за редкости фамилии и отсутствия данных о носителях в открытых источниках невозможно определить её географию или сословную принадлежность. Скорее всего, Шгнеквми — это фамилия-артефакт, возникшая случайно и не имеющая массового распространения. Для её точного восстановления потребовалось бы обратиться к архивным записям конкретного региона, где она могла появиться.