Фамилия Шиаптинова — редкая и неоднозначная, её происхождение можно реконструировать только через анализ словообразовательной модели, так как прямые письменные источники по ней отсутствуют. Основа «Шиаптин» явно содержит суффикс -ин-, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Шиаптин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шиаптя или Шиапта. Женское окончание -а говорит о том, что перед нами форма женского рода, которая в современных русских фамилиях закрепилась как неизменяемая (обычно у носительниц). Исторически же фамилия мужчины звучала бы как Шиаптинов.

Самая правдоподобная версия связывает корень с тюркскими языками. В них встречаются основы типа «шиап» или «шап», которые могут быть фонетическими вариантами слов, обозначающих головной убор (ср. татарское «шәп» — быстрый, ловкий, но также и диалектные формы, близкие к «шапка»). Прозвище Шиаптя мог получить человек, носивший характерный головной убор, либо мастер-шапочник. Суффикс -т- в основе (Шиап-т-ин) характерен для тюркских имен и прозвищ, где он выполняет роль уменьшительности или принадлежности (как в именах Ахмет, Галит). Таким образом, Шиаптя — это, скорее всего, прозвище, образованное от тюркского слова с помощью местного суффикса.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом — Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного родоначальника в конкретном селе. Сословно носители, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами (нерусское население, платившее дань), либо казаками. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Вторая, менее вероятная версия, — искажение при переписи более понятной фамилии, например, Шапкина или Шаповалова. Но сохранение редкого сочетания «шиап» в начале слова и суффикса -т- скорее говорит о самостоятельном, а не испорченном, происхождении. В любом случае, основа фамилии — прозвище, связанное либо с ремеслом, либо с внешней приметой предка.