Фамилия Шибагутдинов образована от имени Шибагутдин. По одной из версий, оно представляет собой искаженное арабское имя Шигабутдин, что в переводе означает «звезда, свет религии». Согласно другой версии, первая часть имени происходит от арабского слова «сибагат», которое в переводе на русский язык означает «краса, облик», «нрав, мысль», вторая — от слова «дин» - «вера, религия». Таким образом, имя Шибагутдин можно перевести как «краса религии». Таким образом, потомок человека, которого звали Шибагутдин, со временем получил фамилию Шибагутдинов.