Фамилия Шилигеда — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а скорее балтийское или смешанное западно-русское. В основе лежит прозвище, которое можно разобрать на две части. Первая часть «шили-» родственна литовскому šìlė (сосна) или šìlas (сосновый лес, бор). Вторая часть «-геда» восходит к литовскому gėda (стыд, позор) или, что более вероятно, к gẽda (порча, изъян, недостаток). Таким образом, Шилигеда могло быть прозвищем человека, жившего у «негодного сосняка» — в лесу, где сосны росли кривыми или были непригодны для строительства. В переносном смысле так могли назвать угрюмого, «колючего» человека, от которого ждали беды, или того, кто «опозорил сосновый бор» — например, неудачливого лесоруба.

Суффикс -а типичен для литовских и белорусских прозвищ и фамилий, он указывает на принадлежность к определённому типу (ср. литовские фамилии на -а: Кубилюс, Буткус, но в белорусской традиции часто сохраняется окончание -а в мужских фамилиях). В русской среде фамилия могла быть записана на слух, без перевода, и закрепилась в форме Шилигеда. Если предки были из западных губерний Российской империи (Виленская, Ковенская, Гродненская), то носителями фамилии могли быть крестьяне или однодворцы, чьё прозвище отражало местный ландшафт или характер.

Встречается также версия, что в основе лежит польское szyling (шиллинг, монета) или немецкое Schilling, но это менее правдоподобно для окончания -геда. Скорее всего, фамилия — не про деньги, а про лес и стыд. В современной России фамилия крайне редка, встречается в единичных записях, что подтверждает её локальное балтийское происхождение.