Фамилия Шилижинский — одна из тех, где географический суффикс «-ский» спорит с основой, которая звучит не по-княжески, а скорее по-ремесленному или прозвищному. Если отбросить окончание, остаётся корень «шилиж-», который в русском языке не встречается как самостоятельное слово. Это почти всегда указывает на то, что фамилия либо топонимическая (от названия места), либо образована от прозвища, которое со временем утратило первоначальный смысл.

Наиболее вероятная версия — происхождение от названия населённого пункта вроде Шилижин, Шилижино или Шилижинцы. Такие топонимы встречаются на территории бывшей Речи Посполитой, в частности в Беларуси и на западе Украины. Фамилии на «-ский» в этом регионе традиционно давались дворянам или шляхте по названию родового имения: «Шилижинский» буквально значит «тот, кто из Шилижина». Если это так, то основа «Шилиж-» может быть тюркского или балтского происхождения, но точную этимологию без конкретного географического объекта восстановить трудно.

Суффикс «-ин-» перед «-ский» встречается реже, чем просто «-овский» или «-евский». Он указывает на принадлежность к чему-то, названному словом женского рода или формой на «-ин». В данном случае «Шилижин» могло быть не просто названием, а притяжательной формой от прозвища Шилига или Шилыга. Само прозвище Шилига, по одной из версий, связано с глаголом «шить» — так могли называть портного, швеца, человека, занятого шитьём. В белорусских говорах «шыліга» — это не только портной, но и непоседливый, юркий человек. Вторая версия — от диалектного «шилижник» (шиповник, колючий кустарник), что давало прозвище колючему, неуживчивому человеку.

Модель образования «основа + -ин- + -ский» характерна для восточнославянских фамилий, которые могли возникать в среде мелкой шляхты или однодворцев. В отличие от типичных дворянских фамилий на «-ский» (например, от названий сёл с суффиксом «-ск»), Шилижинский сохраняет уменьшительный или притяжательный оттенок: «сын Шилиги, живущий в Шилижине». Со временем фамилия закрепилась в форме, которая сейчас кажется сложной, но на самом деле она прозрачна: корень, суффикс принадлежности и типичный польско-литовский дворянский формант.

Встречаемость фамилии невысокая, что тоже говорит в пользу её локального, а не массового происхождения. Носители Шилижинских рассеяны по Беларуси, западной России и Украине, часто с вариациями написания: Шилежинский, Шилинский, Шилыжинский. Путаница в документах XIX века (когда фамилии фиксировали со слуха) могла дать и форму Шилижинский, и Шилежинский — обе возможны, но первая более устойчива.