Фамилия Шимочкина — женская форма, а мужская, Шимочкин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шимочкин буквально значит «сын Шимочки» или «человек из семьи Шимочки». Основа здесь — не полное имя, а уменьшительно-ласкательная форма.

Корень фамилии восходит к имени Симон (в просторечии — Шимон). В русской народной традиции имя Симон часто переделывали: отбрасывали конечное -н или заменяли звуки, получая формы Шима, Шимка, Шимочка. Фамилия Шимочкин, таким образом, — это отчество от прозвищной или обиходной формы канонического имени Симон, которое в переводе с древнееврейского означает «внемлющий», «услышанный Богом». Имя было распространено среди крестьян и мещан, особенно в центральных и южных губерниях России.

Встречается и версия, связывающая фамилию с прозвищем Шимочка от диалектного слова «шима» — так в некоторых говорах называли левшу или человека, который всё делает не так, «шиворот-навыворот». Однако эта гипотеза менее вероятна: прозвищ на -очка в русском языке единицы, а уменьшительные формы от имён — массовое явление. Гораздо чаще Шимочка — это именно ласкательное обращение к Симону, как Ваня — от Иван или Петя — от Пётр.

Географически фамилия Шимочкин (и Шимочкина) тяготеет к регионам, где имя Симон было особенно популярно: Поволжье, центральные области, а также юг России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании и, возможно, об одной или нескольких родственных ветвях. По сословной принадлежности предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или однодворцы, так как в дворянской среде предпочитали полные формы имени или фамилии на -ский.

Если коротко: Шимочкина — это «симоновская», «симочкина» дочь или внучка. Фамилия сохранила в себе живую народную речь, где библейское имя обрело тепло домашнего обращения.