Фамилия Шиниберов — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия хранит в основе нерусское, скорее всего, тюркское слово. На это указывает характерный корень и суффикс -ов, который присоединился к основе уже на русской почве.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское имя или прозвище Шинибер. Его можно разложить на две части: «шин» (истинный, верный, подлинный) и «бер» (дающий). В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) сложные имена с компонентом «бер» — «дарующий» — встречаются нередко (например, Галимберды, Ямберды). Таким образом, Шинибер могло означать «дарующий истину» или «верный даритель». Имя давалось как пожелание честности и щедрости, а со временем закрепилось за родом как фамильное прозвание.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую патронимическую модель: Шиниберов — «сын Шинибера». Фамилия, скорее всего, сформировалась в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья, которые переходили в православие и получали фамилии по имени отца. В пользу этого говорит и то, что фамилия не встречается в старых московских боярских списках или среди дворянских родов центральной России — её ареал, вероятно, связан с Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниями.

Встречается вариант написания с одной «н» — Шиниберов, но он ещё реже. Ударение, судя по аналогичным фамилиям (Шамберов, Шигаберов), падает на третий слог: Шини́беров. Фамилия остаётся малочисленной и сегодня; её носители, как правило, имеют корни в Башкортостане, Татарстане или Челябинской области.