Фамилия Шинимова, скорее всего, женская форма, а её мужской вариант — Шинимов. В основе лежит прозвище или некалендарное имя Шиним. Самая вероятная версия связывает его с тюркским корнем «шин» или «шын», что в ряде языков (например, в казахском, татарском) означает «истина», «правда», «настоящий». Человек мог получить такое прозвище за прямоту, честность или, напротив, как ироничное указание на скрытность — по принципу «антипрозвища».

Модель образования проста: к основе Шиним прибавили русский патронимический суффикс -ов, который указывал на принадлежность («чей?» — сын Шинима). Затем появилось окончание -а для женского рода. Фамилия достаточно редкая, и её география бытования, скорее всего, привязана к регионам с исторически смешанным русско-тюркским населением — Поволжье, Урал, юг Сибири или Западный Казахстан.

Словообразовательный строй не оставляет места для славянской этимологии: корень «шин» нехарактерен для русских имён и прозвищ. Если отбросить тюркскую версию, можно предположить искажённое написание от фамилии Шинимов из идиша (от «шин» — буква еврейского алфавита), но это менее правдоподобно, так как суффикс -ов типичен для русификации именно тюркских, а не еврейских фамилий.

В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах. Носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, а сама фамилия оформилась в XVIII–XIX веках, когда массово закреплялись прозвища за бывшими крепостными и инородцами. В современной России фамилия встречается единично, что делает её ценной для локальной генеалогии: каждый известный носитель — почти наверняка потомок одной небольшой ветви, сохранившей редкое родовое имя.