Фамилия Шищенкова образована от прозвища Шищ, которое восходит к глаголу «шишать». Даля он трактуется как «копаться, возиться». Вероятно, это прозвище указывало на особенности характера и поведения предка (старательный, трудолюбивый). Чередование согласных ш/щ является результатом фонетических процессов в языке. Не исключено также, что в основе прозвища лежит другой глагол «шистать», то есть «болтать». В таком случае прозвище Шищ мог получить говорливый человек. Согласно еще одной гипотезе, фамилия ведет начало от нарицательного «шишка». Интересно, что в прошлом слово шишка кроме прямого значения имело и переносное: «человек, идущий во главе бурлаков». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Шищенковых был уважаемым человеком; возможно, предводителем какого-либо движения. Со временем, вероятно, род Шищенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шищ, со временем получил фамилию Шищенкова.