Фамилия Шишкалиев — одна из тех, где корень ясен, а вот путь, которым он стал фамилией, заставляет задуматься. Основа здесь — «шишка». В русском языке у этого слова два главных значения: лесная (еловая, сосновая) и переносное — важный человек, начальник. Какое из них легло в основу прозвища Шишкаль, сказать трудно, и обе версии имеют право на жизнь.

С точки зрения словообразования фамилия построена по тюркской модели: к русскому корню добавился тюркский суффикс -ли/-лы (в данном случае — -лиев), который указывает на обладание или принадлежность. То есть Шишкали — это буквально «имеющий шишку» (в любом смысле). Такие гибридные фамилии — не редкость в среде, где смешивались русская и тюркская языковые традиции: на Северном Кавказе, в Поволжье, в казахских и ногайских степях. Суффикс -лиев типичен для азербайджанских, кумыкских, карачаево-балкарских фамилий, но встречается и у других народов, испытавших влияние ислама и тюркских языков.

Если выбирать между двумя значениями «шишки», то прозвище «Шишка» в значении «важная персона» было распространено в русской среде с XVI–XVII веков — его давали либо боярским детям, либо просто задиристым и властным мужикам. В тюркской среде такое прозвище могли переосмыслить по-своему: «шишка» как часть тела (шишка на лбу от удара) или как нечто выпуклое, заметное. Но правдоподобнее, что основа всё-таки русская, а суффикс добавили уже при оформлении фамилии в официальных документах, когда нужно было «отюркить» фамилию под местные нормы.

Встречаются варианты написания: Шишкалиев, Шишкалиев, реже — Шишкалиев с одной «л». Географически фамилия привязана к Кавказу и Нижнему Поволжью, особенно к Чечне, Ингушетии, Дагестану, а также к казахским и ногайским родам. В дореволюционных списках она почти не попадается — скорее всего, массово закрепилась в советское время, когда всем дали паспорта и записали по отчеству или по прозвищу отца.