Фамилию Шишоркина стоит разбирать не с очевидного корня «шиш», а с её суффиксальной части и регионального колорита. Это женская форма фамилии Шишоркин, а мужская образована по типичной русской модели с суффиксом -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шишоркин — «сын Шишорки» или «человек из семьи Шишорки». Сама основа — Шишорка — это не имя и не профессия, а скорее всего прозвище или уменьшительная форма.

Корень «шиш» в русских говорах многозначен. В северных и центральных областях «шишом» называли не только остриё, но и вора, мошенника, а также лешего или нечистую силу. В вятских и пермских говорах «шиш» — это бродяга или беглый каторжник. Однако суффикс -орк- в прозвище Шишорка встречается редко и придаёт слову оттенок пренебрежительности или уменьшительности, как в словах «старушонка», «мальчонка». То есть Шишорка — это не просто «шиш», а «мелкий шиш», «плутишка» или «небольшой бесёнок».

География фамилии узкая. Шишоркины встречаются преимущественно в Поволжье и на Урале, особенно в Кировской области и Пермском крае. Это указывает на то, что прозвище возникло в среде севернорусских переселенцев, которые осваивали эти земли в XVII–XVIII веках. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами, а не дворянами: фамилия не попала в родословные книги.

Версия о связи с растением «шишкарник» или «шишка» маловероятна: для таких прозвищ использовали бы форму Шишкин или Шишкарев. А вот связь с диалектным словом «шишора» (неряха, растрёпа) из архангельских говоров — возможна, но менее убедительна, так как суффикс -к- меняет значение на уменьшительное. Наиболее правдоподобно, что Шишорка — это прозвище человека с неспокойным, озорным или плутоватым нравом, данное в насмешку или для характеристики. Фамилия сохранила эту старую, почти забытую словообразовательную модель.