Фамилия Шиуков — редкий пример того, как географическое название становится родовым именем, причём не через дворянскую приставку «фон», а через крестьянское прозвище. В основе фамилии лежит топоним Шиуково — несколько деревень с таким названием существовали в Костромской и Вологодской губерниях. Человек, переселившийся из Шиукова в соседнюю деревню или город, получал прозвище Шиук, а его дети уже записывались Шиуковыми. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Шиуков, то есть сын Шиука.

Само название селения Шиуково, скорее всего, происходит от неканонического имени или прозвища Шиюк, которое могло быть связано с диалектным словом «шиюк» — так в некоторых северных говорах называли зайца или хитроватого человека. В ономастике известен принцип, когда прозвище животного переходит на человека: Шиюк — «заяц», отсюда Шиуков. Версия с финно-угорским субстратом (например, от вепсского или коми корня) менее вероятна, так как фамилия фиксируется именно в русских переписных книгах XVII века.

Примечательна и форма фамилии: она сохранила древнее окончание -ов, а не -ев, что говорит о твёрдой основе прозвища. Если бы прозвище звучало как Шиукий (с мягким знаком), мы бы имели Шиуков, но в документах встречается именно Шиуков, без вариантов. Это указывает на то, что прозвище было кратким, усечённым, как это часто бывало в крестьянской среде: Шиюк, а не Шиукий.

Встречаемость фамилии крайне мала — она сосредоточена в основном в бывшей Костромской губернии и в среде потомков переселенцев в Сибирь. Известных носителей, вошедших в энциклопедии, не зафиксировано, что подтверждает её сугубо народное, непривилегированное происхождение. Это фамилия крестьян и мещан, которые получили её по месту выхода, а не по роду занятий или отцу.