Фамилия Шияфитдинов — одна из тех, что сразу выдают тюрко-мусульманское происхождение, причём с довольно точной географической привязкой. Её основа — арабское имя Шияфитдин (встречаются варианты Шиафитдин, Шияфетдин), которое в свою очередь сложено из двух корней: «шифа» (исцеление, выздоровление) и «дин» (вера). Буквально имя означает «исцеление веры» или «целитель религии». Такие имена давали в надежде, что ребёнок станет духовным наставником или принесёт облегчение в делах веры.

Модель образования проста и типична для татарской и башкирской ономастики: к полному имени отца (Шияфитдин) добавили русский патронимический суффикс -ов. В среде тюркских народов фамилии часто образовывали именно от отчества, а не от прозвища или профессии. Суффикс -ов здесь указывает на то, что носитель — потомок человека по имени Шияфитдин, то есть «сын Шияфитдина». Окончание -ин в этой фамилии невозможно, потому что основа оканчивается на твёрдый согласный, а не на -а или -я.

Интересная деталь: в отличие от более частых татарских фамилий на -ов (Сайфутдинов, Хайрутдинов), у Шияфитдиновых начальный слог «ши» — редкость. Это указывает на диалектное произношение, характерное для некоторых групп казанских татар или мишарей, где арабский звук «ш» сохраняется в начале имени, а не переходит в «с» (как в варианте Сияфитдин). По этой фонетической примете можно предположить, что предки носителей фамилии происходили из определённого региона — скорее всего, из западных или центральных районов Татарстана, где такой говор был распространён.

В метрических книгах и ревизских сказках XIX века эта фамилия встречается в основном среди крещёных татар (кряшенов) и мусульманских крестьян Казанской и Уфимской губерний. Сословно предки Шияфитдиновых, скорее всего, были государственными крестьянами или тептярами — то есть не дворянами, а свободным сельским населением, платившим подать. В советское время фамилия распространилась шире, но до сих пор остаётся относительно редкой: по данным открытых телефонных справочников, больше всего Шияфитдиновых живёт в Татарстане, Башкортостане и в Челябинской области.