Фамилия Шижнёва — женская форма фамилии Шижнёв, и первое, что бросается в глаза, это необычный корень. В русских фамилиях на -ёв редко встречается основа «шижн-», что сразу заставляет искать её происхождение не в частотных именах или профессиях, а в прозвищах или местных говорах.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Шижень или Шижня. В диалектах русского языка слово «шиж» или «шижий» могло означать нечто шероховатое, колкое, а иногда и «шипучее» — например, так называли человека с резким, неуживчивым характером или с какой-то физической особенностью (вроде щетинистой бороды). Есть и другая, более прозаичная версия: в некоторых северных и сибирских говорах «шиж» — это вид мелкой рыбы (ерша или бычка). Тогда прозвище Шижень мог получить рыбак или человек, который, как та рыба, был «ёршистым», цепким.

Суффикс -н- (-нёв) в фамилиях встречается нечасто. Обычно он указывает на принадлежность к чему-то через притяжательное значение: Шижнёв — буквально «сын Шижня». Такая модель (основа + -н- + -ёв) характерна для прозвищ, которые оканчивались на мягкий согласный или на -я (например, Шижня → Шижнёв). Это говорит о том, что прозвище было живым, разговорным, а не книжным.

Географически фамилия Шижнёв редкая. Основные очаги её бытования — центральные и северо-западные области России, особенно Вологодская и Архангельская губернии, где диалектная лексика сохраняла такие корни. Встречается она и в Поволжье, но реже. Сословно предки Шижнёвых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилия не дворянская и не купеческая, а образованная от уличного, бытового прозвища.

Единственная сложность — возможная связь с финно-угорскими языками. В коми-зырянском языке есть слово «шиж» (след, метка) или «шижöд» (порча, изъян). Если предки жили на Русском Севере в зоне контакта с коми, прозвище могло иметь и такое значение: «человек со следами», «меченый» — например, с родимым пятном или шрамом. Но это лишь гипотеза: фамилия звучит по-русски, и суффикс -ёв указывает на славянскую словообразовательную традицию.