Фамилия Шкекина — женская форма, а мужская, Шкекин, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Это сразу указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя, оканчивающееся на -а или -я: Шкека. Суффикс -ин в русских фамилиях означает принадлежность: «сын Шкеки» или «из семьи Шкеки».

Самое интересное — корень. Прямого и очевидного слова «шкека» в современном русском языке нет. Это не диалектное название профессии и не крестильное имя. Скорее всего, перед нами прозвище, образованное от глагола «шкекать» или «шкекнуть». В ряде южнорусских и украинских говоров так называли резкий, отрывистый звук — например, удар, треск или щелчок. Человек мог получить прозвище Шкека за манеру говорить отрывисто, за громкий смех или за привычку щёлкать пальцами. Возможна и звукоподражательная природа: прозвище могли дать тому, кто издавал характерные «шкекающие» звуки, — например, при ходьбе или работе.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть слово с основой «шек» — «граница», «край», «предел». Но тогда фамилия скорее имела бы форму Шеков или Шекин. Вариант Шкекин с твёрдым «к» после «ш» и суффиксом -ин для тюркской основы нетипичен, поэтому эта гипотеза слабая.

Фамилия редкая. В дореволюционных списках и переписях она почти не встречается, что говорит о локальном бытовании. Вероятнее всего, её носители — выходцы из крестьянской или мещанской среды Центральной России или Поволжья, где диалектная лексика с корнем «шкек» фиксируется этнографами. Дворянских родов с такой фамилией не известно — в родословные книги она не попала.

Таким образом, фамилия Шкекина (Шкекин) — это память о прозвище предка, которое дали ему за особенность голоса или поведения. Звучит оно живо и характерно, хотя точное значение слова сегодня уже угадывается лишь по говорам.