Фамилия Шхаузен — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не славянское. Если отбросить маловероятные версии об адаптации тюркского или кавказского корня (где «шх» встречается, но не даёт осмысленной основы для фамилии), остаётся одно прозрачное объяснение: перед нами немецкая или голландская фамилия, записанная кириллицей.

В основе лежит немецкое Schhausen или Schuhausen. Первая часть — Schuh (башмак, туфель) либо Sch (вода, озеро в нижненемецких диалектах). Вторая часть — Hausen (дома, поселение). Таким образом, фамилия могла означать либо «живущий у башмачного дома» (мастерская сапожника), либо «живущий у воды». Второй вариант правдоподобнее, если учесть, что многие немецкие топонимические фамилии оканчиваются на -hausen и указывают на конкретную местность.

Суффикса, типичного для русских фамилий (-ов, -ин, -ский), здесь нет — фамилия застыла в форме, близкой к оригинальной. В России такие фамилии обычно получали выходцы из немецких колоний, переселившиеся в XVIII–XIX веках, или обрусевшие немцы, чьи предки сохранили написание без русификации. Встречаемость Шхаузен крайне низкая, что подтверждает её иноязычное и, скорее всего, недавнее по происхождению (не старше трёхсот лет) бытование. Кем были предки? Скорее всего, ремесленниками или крестьянами из немецких земель, позже — жителями поволжских или причерноморских колоний. Никакой связи с русскими боярскими или казачьими родами эта фамилия не имеет.