Фамилия Шкиндеров сравнительно редкая, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?»), перед нами основа Шкиндер. В русском языке такого слова нет, поэтому искать корень нужно в диалектах или заимствованиях.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с южнорусскими и украинскими говорами. Слово «шкендель» или «шкентель» в морском деле — это короткий конец троса, но в бытовой речи так могли называть долговязого, худого или вертлявого человека. Однако более правдоподобно, что основа восходит к диалектному глаголу «шкендылять» — хромать, прихрамывать, идти вразвалку. В таком случае Шкиндер — прозвище человека с характерной походкой, возможно, хромого или того, кто косолапил. Чередование «е/и» в корне (шкендылять — шкиндер) для народной этимологии дело обычное.

Менее распространённая, но имеющая право на существование версия — немецкое влияние. В немецком языке есть фамилия Schinder (от schinden — драть шкуру, мучить), которая могла попасть в Россию вместе с колонистами или специалистами. Schinder — это живодёр, кожевник или, в переносном смысле, притеснитель. Русский суффикс -ов легко адаптировал такую основу, превратив её в Шкиндеров. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в регионах, где исторически селили немцев (Поволжье, юг Украины).

Географически фамилия Шкиндеров тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Ростовской, Волгоградской областях, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает и украинскую, и немецкую версию: именно на юге активно смешивались разные этнические группы.

Сословный состав носителей фамилии — преимущественно крестьянский и мещанский, что типично для прозвищной фамилии, которая не указывает на знатное происхождение. Шкиндеровы — это потомки человека, которого в своём селе знали по особой походке или, что реже, по ремеслу, связанному с обработкой кожи.