Фамилия Шкириков — редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, а не с крестильным именем. В основе лежит слово «шкира» — так в некоторых русских говорах (особенно южных и западных) называли шкуру, кожу, содранную с животного. Соответственно, Шкириком могли прозвать кожевника, скорняка или просто человека, имевшего дело с выделкой шкур. Вторая, менее вероятная версия, связывает прозвище с диалектным глаголом «шкирить» — щуриться, глядеть искоса. В этом случае Шкирик — человек с прищуром или тот, кто смотрит недоверчиво.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе Шкирик добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Шкирика». Такая модель закрепилась в центральных и северных областях России, тогда как на юге и в Белоруссии чаще встречается бессуффиксная форма Шкирик. Интересно, что фамилия Шкириков не попала в число дворянских или купеческих — в дореволюционных источниках её носители числятся в основном среди крестьян и мещан, что подтверждает ремесленное или бытовое происхождение прозвища.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — её фиксировали в Воронежской, Курской и Ростовской областях. Встречаются и однокоренные варианты: Шкирин, Шкирёв, Шкирченко. Все они восходят к тому же корню «шкир-». Если сравнивать с фамилиями от названий профессий, Шкириков стоит в одном ряду с Кожевниковым, Скорняковым или Шубниковым, но отличается тем, что прозвище дали не по готовому изделию, а по исходному материалу — сырой коже.

Споров вокруг этимологии почти нет: версия с кожей и скорняжным делом считается основной и поддерживается большинством ономастов. Слабая гипотеза о связи с тюркским корнем (например, «шикир» — сахар) не выдерживает критики — в русских говорах слово «шкира» имеет чёткую славянскую огласовку и значение. Таким образом, предки современных Шкириковых с высокой долей вероятности были мастерами по обработке кожи или торговали шкурами.