Фамилия Шкливалина — женская форма, исходная мужская — Шкливалин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя, образованное от глагола «шкливать». В русских говорах, особенно северных и сибирских, это слово означало «плохо видеть», «щуриться», «косить глазами». Человека с таким недостатком зрения или привычкой щуриться могли прозвать Шклива (откуда и пошла фамилия через суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — «сын Шкливы»).

Слово «шкливать» родственно диалектному «шкелить» — «глядеть искоса, подсматривать». Встречается также форма «шкливый» — «близорукий, подслеповатый». Таким образом, фамилия Шкливалин — типичная «очковая» (по дефекту внешности), как Кривошеин, Косоглазов или Щуров. Суффикс -алин здесь необычен: он мог возникнуть из-за народного переосмысления основы (Шклива → Шкливалин) или как вариант отчества от полной формы имени Шкливал (сравните: Козёл → Козлов, но есть и Козлихин). В любом случае, фамилия редкая и локальная.

Географически фамилия Шкливалин (и Шкливалина) встречается преимущественно на Урале и в Западной Сибири — в Курганской, Свердловской, Тюменской областях. Это согласуется с ареалом глагола «шкливать», который фиксируется в пермских и сибирских говорах. В центральной России фамилия почти не встречается.

О социальном статусе первых носителей можно судить по модели: фамилии на -ин в массе своей принадлежали крестьянам и посадским людям, реже — духовенству. Дворянских родов с такой основой не зафиксировано. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или ремесленником, получившим прозвище за особенность зрения.

Спорных версий здесь немного: иногда «шкливать» путают с «школить» (учить, наказывать), но это разные корни. Гораздо правдоподобнее связь с близорукостью — именно так фамилию объясняют словари русских фамилий (например, в работах по уральской ономастике).