Фамилия Шкляаев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если разбить её на части, бросается в глаза необычный суффикс -аев. В русских фамилиях чаще встречается -ев после мягких согласных или шипящих (Иванов, но Медведев), а здесь — сочетание «а» + «ев», что наводит на мысль об иноязычной основе.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем. В татарском, башкирском и других тюркских языках есть слово «шкля» или близкие к нему варианты, означающие «стекло» или «стеклянный». Однако напрямую «шкля» — не стандартное слово; скорее, это диалектная или искажённая форма от «шыша» (стекло) или «шекер» (сахар, но в переносном смысле — «сладкий, приятный»). Вторая часть — аев — это адаптированный под русскую модель суффикс принадлежности, указывающий на происхождение от отца: «сын Шкляя». То есть Шкляаев — это «сын человека по прозвищу Шкляй».

Что могло значить прозвище Шкляй? Если отталкиваться от «стекла», то предок мог быть стекольщиком, торговцем стеклом или просто человеком с прозрачными, «стеклянными» глазами. Если же корень восходит к тюркскому «шекер» (сахар), то прозвище могло быть ласкательным — «сладкий», «сахарный». Вторая версия менее очевидна, но фонетически возможна: звук «к» в тюркских языках часто переходит в «х» или «ш» при заимствовании.

Географически фамилия Шкляаев почти не встречается в центральной России. Единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале — в регионах, где веками жили татары и башкиры. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: фамилия могла возникнуть у крещёных татар или мишар, которые при переходе в православие получали фамилии по прозвищам, но с русским суффиксом.

В словарях фамилия не зафиксирована, поэтому точных дат и имён первых носителей нет. Спорной версией можно считать связь с украинским «шкло» (стекло) — но в украинском языке суффикс -аев нехарактерен, а фамилия Шкляев (без двойного «а») там встречается, но Шкляаев — явно восточная модель. Таким образом, наиболее правдоподобно: Шкляаев — русифицированная тюркская фамилия, означающая «сын стекольщика» или, реже, «сын сладкого человека».