Фамилия Шкнеева — яркий пример того, как редкая основа может поставить в тупик даже опытного ономаста. Её происхождение неочевидно, и здесь приходится выбирать между несколькими версиями, опираясь на логику словообразования и исторические реалии.

С точки зрения формы, фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий. Женский вариант Шкнеева указывает на мужскую форму Шкнеев. Основа «Шкне» — это либо прозвище, либо искажённое личное имя, либо фамилия, переоформленная из другой языковой среды.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с профессиональным прозвищем. В русских говорах слово «шкень» или «шкеня» могло означать что-то мелкое, незначительное, либо относиться к человеку маленького роста (сравните с диалектным «шкет» — мальчик, подросток). Если основа восходит к «шкень», то суффикс -еев (Шкнеев) мог появиться из-за стяжения или диалектного произношения. В таком случае предок носителя фамилии мог получить прозвище Шкень за свой небольшой рост или юный возраст.

Вторая, менее очевидная гипотеза — связь с литовским или белорусским корнем. В литовском языке есть слово «šknė» (произносится примерно как «шкне») — болтун, пустомеля. Если предки происходили с запада России или из Беларуси, фамилия могла быть заимствована и адаптирована русским суффиксом. Однако такое объяснение остаётся предположительным, так как фамилия Шкнеева не фиксируется в классических ономастических словарях как широко распространённая.

Написание фамилии с двойной «е» (Шкнеева, а не Шкнева) указывает на то, что основа не оканчивается на твёрдый согласный, а содержит гласный в корне. Это отличает её от фамилий типа Шкнев, где корень «шкн» мог бы быть связан с глаголом «шкнуть» (гаснуть, замирать) в некоторых говорах.

Поскольку фамилия редкая, её география, скорее всего, привязана к конкретному региону или даже одной семье. Сословная принадлежность не определяется: прозвищные фамилии на -ев могли получить и крестьяне, и мещане, и духовенство. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок Шкнеевых жил в среде, где было принято давать прозвища по внешним или поведенческим признакам, и это прозвище со временем закрепилось в официальном документе.