Фамилия Шкригунова — женская форма фамилии Шкригунов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Основа здесь — прозвище Шкригун, которое, скорее всего, связано с украинским или южнорусским диалектным словом «шкригати» — скрипеть, издавать резкий звук. Человек с таким прозвищем мог иметь скрипучий голос, неприятную манеру речи или, что вероятнее, заниматься ремеслом, связанным со скрипом — например, работать с несмазанной телегой или быть пильщиком. Суффикс -ун в прозвищах (как в «крикун», «болтун») указывает на деятеля, склонного к определённому действию, так что Шкригун — это «тот, кто скрипит».

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: к прозвищу Шкригун добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Шкригуна». Фамилия Шкригунов, а следовательно, и Шкригунова, могла закрепиться в среде крестьян или казаков, где прозвища часто давали по характерной черте или занятию. В отличие от более распространённых фамилий вроде Скрипунова, вариант с «ш» — редкий, и он указывает на южную или западную диалектную зону: слово «шкригати» встречается в говорах Украины и прилегающих областей России (Брянщина, Курщина).

Географически фамилия Шкригунов (и Шкригунова) тяготеет к украинским и южнорусским регионам, но встречается и в центральной России за счёт миграций. Интересно, что в некоторых записях XIX века можно найти вариант Шкрыгунов — с «ы» вместо «и», что отражает местное произношение. В целом, носительница фамилии Шкригунова может считать себя потомком человека, которого в округе знали по его скрипучему голосу или ремеслу — и это прямое, незамысловатое свидетельство быта предков.