Основой фамилии Шкруднев послужило мирское имя Шкрудень. Мирское имя Шкрудень, предположительно, восходит к нарицательному «скрута», которое в переводе с украинского языка на русский означает «трудности, тяжелые обстоятельства». Скорее всего, имя Шкрудень относится к охранительным именованиям. Так, нарекая младенца Шкруднем, родные хотели, чтобы он прожил счастливую жизнь и не знал нужда или горя. Изменение согласных с/ш можно объяснить изменениями, происходившими в ходе развития языка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шкрудень, со временем получил фамилию Шкруднев. Так, в Книге памяти Белгородской области упоминается Аким Павлович Шкруднев, родившийся в 1914 году в селе Яблочково Шебекинского района Курской области, Лукьян Федорович Шкруднев, родившийся в 1893 году там же.