Фамилия Шкрунина — женская форма, образованная от мужской Шкрунин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкруня. Само слово «шкруня» в русских говорах имеет несколько значений, и ключ к происхождению фамилии — в одном из них. Наиболее вероятная версия: в псковских и тверских диалектах «шкруня» — это «скупой, прижимистый человек». Прозвище давали тому, кто отличался чрезмерной бережливостью или жадностью. Менее распространённое значение — «неопрятный, неряшливый», но оно встречается реже.

Словообразовательная модель простая и типичная для русского севера и центра: основа Шкрун- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Фамилия Шкрунин буквально означала «сын Шкруни» или «человек из семьи Шкруни». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а/-я, что полностью совпадает с основой Шкруня.

Географически фамилия Шкрунин (и Шкрунина) тяготеет к северо-западным областям России — Псковской, Новгородской, Тверской. Это подтверждается и данными современных переписей: большинство носителей живут именно там. В этих краях слово «шкруня» было в ходу, и прозвище могло возникнуть независимо в разных семьях.

Интересная деталь: в некоторых говорах «шкруня» означало также «мелкий, сухой навоз» (в хозяйственном обиходе). Это редкое значение, но оно указывает на то, что прозвище могло относиться к человеку, занимавшемуся уборкой скота или жившему в бедности. Однако версия со скупостью выглядит убедительнее: такие прозвища давали не столько за профессию, сколько за заметную черту характера.

Родственные фамилии — Шкрунев, Шкрунов, а также более редкая Шкрун. Все они восходят к той же основе. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных фамилий северо-запада России. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

Таким образом, Шкрунина — фамилия-прозвище, указывающая на предка, которого в деревне за глаза называли Шкруня за его скупость или, реже, за неряшливость. Ничего необычного в её истории нет, но за ней стоит живая речь и быт русской деревни XIX века.