Фамилия Шкрыкин — редкая, но её устройство почти прозрачно. В основе лежит прозвище Шкрыка, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шкрыкин, то есть сын или потомок Шкрыки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где -ин закреплялся за основами на -а/-я.

Корень слова — «шкрык» или «шкрыка». В русских говорах это слово имеет несколько значений, и все они связаны с резким, отрывистым звуком или действием. В псковских и тверских диалектах «шкрыкать» означало «скрипеть», «визжать», «издавать резкий звук». В некоторых местах «шкрыка» — это человек, который говорит скрипучим, неприятным голосом или постоянно ворчит. Есть и другая версия: в южнорусских говорах «шкрыка» могло быть прозвищем для маленького, юркого человека (от «шкрык» — мелкий кусочек, обрывок). Прозвища по голосу или манере речи давали очень часто, поэтому версия с «ворчуном» или «скрипуном» выглядит самой естественной.

Фамилия явно происходит из северо-западного диалектного ареала. Встречается она в основном в Тверской, Псковской и Новгородской областях, а также в соседних регионах. В дореволюционных переписях носители фамилии записаны преимущественно как крестьяне и мещане, что типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ, а не от церковных имён.

Интересно, что однокоренные фамилии — Шкрылёв, Шкрыгин, Шкрыкин — все образованы от разных вариантов одного и того же звукоподражательного корня. Но Шкрыкин стоит особняком: суффикс -ин здесь не просто патронимический, он застыл в форме, которая не даёт фамилии склоняться по мужскому роду как типичное прилагательное. Это ещё одно указание на то, что прозвище было очень устойчивым и бытовало в конкретной местности, где и закрепилось в документах.