Фамилия Шкурняев образована от прозвища или мирского имени Шкурняй. В её основе лежит слово «шкура», но не в современном бытовом значении, а в более узком, профессиональном. Шкурняем на Руси называли кожевника, скорняка или человека, который выделывал шкуры, — то есть мастера, работавшего с кожей. Суффикс -яй в этом прозвище типичен для русских именований, указывающих на род занятий или характерную черту (сравните: Лентяй, Гуляй, Дерзай). Таким образом, Шкурняй — это «тот, кто имеет дело со шкурами».

Фамилия оформлена патронимическим суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или й. В данном случае от прозвища Шкурняй образовалось притяжательное прилагательное «Шкурняев» — сын Шкурняя. Модель типична для русских фамилий, возникших в крестьянской и ремесленной среде в XVI–XVII веках, когда прозвища отца закреплялись за потомками как наследственные.

В отличие от более распространённых фамилий Шкуров, Шкуратов или Шкуркин, которые тоже восходят к слову «шкура», вариант Шкурняев встречается реже. Это говорит о том, что прозвище Шкурняй, вероятно, бытовало в узком локальном ареале — возможно, на северо-западе России или в Поволжье, где кожевенное дело было развито как промысел. Словарь русских фамилий Б. О. Унбегана не фиксирует эту фамилию, что подтверждает её относительную малочисленность и региональную привязку.

Носитель фамилии Шкурняев почти наверняка — потомок ремесленника-кожевника, а не дворянина или духовного лица. Фамилия не имеет книжного или искусственного происхождения, она целиком народная, «прозвищная», и говорит о конкретном занятии предка. Никаких альтернативных версий, связывающих её с тюркскими корнями или искажёнными именами, нет — словообразовательная цепочка прозрачна и не требует натяжек.