Фамилия Шлеляин — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы понять, откуда она взялась, стоит разобрать её по составу. Основа «Шлеля-» и суффикс «-ин» указывают на классическую русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Суффикс «-ин» означает принадлежность: «сын Шлели» или «человек из рода Шлели».

Самая вероятная версия связывает фамилию с немецким или балтийским влиянием. В немецком языке есть слово «Schleie» — «линь» (рыба), а также глагол «schleien» — «тащить, волочить». Прозвище Шлеля мог получить рыбак, торговец линями, или же человек с неторопливой, «тягучей» походкой. В России такие фамилии часто возникали у обрусевших немцев или в регионах с немецкими колониями (Поволжье, Прибалтика, Петербургская губерния), где прозвище адаптировали на русский лад, добавив окончание -я.

Менее убедительна версия о чисто славянском корне. В русских говорах нет прямого слова «шлеля», но есть диалектное «шлепать» (идти, шлёпать) или «шлёвка» (ремень, петля). Если прозвище Шлеля и существовало, то могло относиться к человеку, который «шлёпал» по грязи, или к портному, работавшему со шлёвками. Однако эта гипотеза слабее, так как не объясняет характерный звуковой ряд.

География фамилии крайне узкая. В современных базах данных Шлеляин встречается единично, в основном на Северо-Западе России (Ленинградская, Псковская области) и в Беларуси. Это подтверждает версию о локальном происхождении, возможно, от конкретного переселенца. Сословная принадлежность предков неясна — фамилия могла принадлежать как крестьянину, получившему прозвище за занятие, так и мещанину немецкого происхождения. Спорных версий здесь нет: лингвистически убедительнее всего связь с немецким «Schleie» или «schleien» через прозвище, которое затем русифицировали.