Фамилия Шлесина — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее, чем разбор корня. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Пушкин — от Пушка, Ильин — от Илья). Но с Шлесиной всё не так однозначно: основа «Шлес» не имеет очевидного славянского или тюркского значения. Правдоподобнее всего, что перед нами фамилия, возникшая от немецкого топонима или прозвища.

Самый прямой путь к разгадке — через немецкое слово «Schloss» (замок, крепость, а также запор, замок) или его производные. В немецких землях, особенно в Силезии и Пруссии, существовали фамилии типа Schlosser (слесарь, буквально «тот, кто работает с замками») или Schlösser. При переходе в русскую среду окончание могло адаптироваться: Schloss → Шлес → Шлесин. Суффикс -ин здесь не указывает на принадлежность отцу (как в «Иванов сын»), а служит для русификации фамилии — распространённый приём для переселенцев XVIII–XIX веков.

Вторая, менее вероятная версия — связь с литовским или латышским словом «šlėsa» (след, колея) или «šlėsis» (полоз, салазки). В таком случае Шлесин мог быть потомком человека, которого прозвали за походку, профессию возчика или за то, что он жил у дороги. Но эта гипотеза слабая: в балтийских языках фамилии с таким корнем нечастотны, а в русских документах они почти не фиксируются.

География фамилии подсказывает, что Шлесины — выходцы из западных губерний Российской империи, где компактно жили немецкие колонисты: Волынская, Киевская, а также Прибалтика. В метрических книгах XIX века эта фамилия встречается среди мещан и крестьян, а не дворян. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно — что типично для фамилии ремесленного или прозвищного происхождения, не закрепившейся за аристократией.