Фамилия Шлукина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Шлукин. В русской модели образования фамилий суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: Шлукин — «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Шлука. Именно прозвище, а не каноническое имя, лежит в основе.

Само слово «шлука» в русских говорах не встречается как общеупотребительное. Вероятнее всего, это диалектное или искажённое произношение слова «шлюка» — так в некоторых регионах называли шлюпку, лодку. В таком случае прозвище Шлука мог получить лодочник, перевозчик или тот, кто строил небольшие суда. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Шлукин встречается в Поволжье и на северо-западе России — в местах, где развито речное судоходство.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями, где «шлук» или похожие звучания могли означать нечто острое, колкое (сравните с тюркским «шылк» — тонкий, острый). Тогда прозвище могло относиться к человеку с острым языком или худощавому. Однако эта гипотеза слабее, так как не подкрепляется устойчивой географией фамилии.

Фамилия Шлукин — редкая. В дореволюционных списках она не фиксируется среди дворянских или купеческих родов, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Суффикс -ин типичен для центральных и северных губерний России, где фамилии образовывали от прозвищ на -а/-я.

Так что, скорее всего, предки носительницы фамилии Шлукина были людьми, связанными с водой и лодками, — речниками, рыбаками или плотниками, строившими шлюпки.