Фамилия Шмоняков — редкий случай, когда прозвищная основа не связана с профессией, внешностью или характером, а уходит в бытовую иронию. В её центре — слово «шмоня», которое в русских говорах имело несколько значений, но объединяла их снисходительно-насмешливая окраска. В одних диалектах «шмоней» называли неопрятного, неряшливого человека, в других — вялого, медлительного или простофилю. Слово звучало как прозвище, которое давали не в обиду, а скорее как бытовую характеристику: «Эх ты, шмоня!» — могли сказать нерасторопному парню или небрежно одетой женщине.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Шмоня → суффикс принадлежности -к- (указывает на лицо, чаще всего сына или потомка) → окончание -ов. То есть Шмоняков буквально означает «сын Шмони» или «потомок того, кого звали Шмоней». Суффикс -ов здесь самый массовый для русских фамилий, но сочетание с редкой основой делает фамилию заметной в документах. В переписях XVIII–XIX веков такие прозвища фиксировались в северных и центральных губерниях, особенно в Вятской, Пермской и Костромской, где диалектное слово «шмоня» бытовало особенно активно.

Интересно, что фамилия Шмоняков не имеет отношения к более позднему жаргонному значению слова «шмон» (обыск) — это случайное звуковое совпадение. Прозвище Шмоня старше уголовного арго минимум на два столетия. Встречается также вариант написания Шмоняков с ударением на втором слоге, что подтверждает связь именно с прозвищем, а не с заимствованными корнями.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: в дворянских родословных книгах она не зафиксирована, а в метрических книгах XIX века носители встречаются среди государственных и помещичьих крестьян. Родственные фамилии — Шмонин, Шмонькин, Шмонев — образованы от той же основы, но с другими суффиксами. Шмоняков среди них — самая морфологически прозрачная: сразу видно, что перед нами отчество от прозвища.