Фамилия Шмугунова — женская форма от Шмугунов, и её разбор стоит начать с неочевидной, но показательной детали: суффикс -ун- в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов или -ин. В словообразовании он обычно указывает на лицо по действию или характерному признаку (ср. бегун, говорун, шатун). Основа «шмуг» здесь — ключ к происхождению.

Самая прямая версия — прозвище Шмугун от глагола «шмугать». В русских говорах, особенно псковских и тверских, «шмугать» означало «тереть, натирать, скрести» или «быстро идти, шмыгать». Человек мог получить такое прозвище за привычку тереть руки или лицо, за суетливость или за то, что работал с трением — например, натирал полы, драил посуду или занимался выделкой кож. Второе значение — «шмыгать носом» — тоже давало прозвище человеку с насморком или нервной привычкой.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «шмуга» — «плут, проныра». В таком случае Шмугунов — потомок хитрого или изворотливого человека. Фамилия явно не дворянская и не книжная: её образовали в крестьянской или ремесленной среде, скорее всего, на северо-западе России (Псковщина, Новгородчина, Тверская губерния), где глагол «шмугать» был в ходу. Суффикс -ун- + -ов даёт типичную русскую модель отчества-прозвища: «чей?» — Шмугунов, то есть сын Шмугуна.

В написании важно ударение: Шмугуно́ва (на третий слог). Если бы ударение падало на первый слог (Шму́гунова), это могло бы указывать на иной диалектный источник, но фиксации такого варианта в ономастических справочниках нет. Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий она не встречается, что подтверждает её локальное происхождение. Родственных фамилий (Шмугин, Шмугарев) практически нет — это дополнительный признак того, что корень «шмуг» не был массовым и остался на уровне одного прозвища.