Фамилия Шмукина — женская форма фамилии Шмукин, и её разбор неожиданно уводит в историю еврейских фамилий Российской империи. Основа здесь — прозвище или именование Шмука, которое, скорее всего, является вариантом еврейского мужского имени Шмуэль (библейский Самуил). В восточноевропейской еврейской среде имя Шмуэль давало множество уменьшительных форм: Шмулик, Шмуль, Шмун, Шмука. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Шмукин, то есть сын или потомок Шмуки.

Модель образования через -ин типична для русских фамилий, но в данном случае она наложилась на иноязычную основу. Это не редкость: в черте оседлости, особенно на территории современной Украины, Беларуси и Польши, при переходе к обязательным фамилиям в XIX веке многие еврейские семьи получали фамилии по русской или польской модели. Шмукин — яркий пример такого «русифицированного» патронима.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «шмукать» (в некоторых говорах — «нюхать», «шмыгать носом»). Но она слабая, так как подобные прозвища обычно давали по яркой внешней черте, а фамилия Шмукин встречается почти исключительно в среде, где имя Шмуэль было распространено. Если бы корень был чисто русским, мы бы ожидали большего разнообразия географического распространения, но Шмукины исторически сконцентрированы в западных губерниях.

В женской форме Шмукина фамилия не меняет смысла — это «дочь или жена Шмуки». В бытовом употреблении в документах XIX — начала XX века такая форма часто фиксировалась за женщинами, не имевшими собственного имущественного статуса, и автоматически следовала за фамилией мужа или отца.