Фамилия Шнакенбург — редкий случай в русском ономастиконе. Она не славянская по происхождению, а немецкая или еврейская (ашкеназская), и образована по типичной для немецкого языка модели сложения двух основ. Первая часть — «Шнакен» (от нем. Schnake — «комар», «мошкара» или от диалектного Schnake — «уж»). Вторая часть — «бург» (Burg — «крепость», «замок», «город»). Таким образом, буквально фамилия означает «Комароград» или «Замок ужей». В русской среде такие фамилии не образовывались — суффикса -бург у нас нет, это чисто западноевропейский формант, указывающий на место жительства или владения.

Скорее всего, Шнакенбург — это не прозвище, а топонимическая фамилия. В Германии и в исторических областях расселения немцев (Пруссия, Силезия, Прибалтика) существовали или существуют небольшие населённые пункты с названием Schnackenburg (например, городок в Нижней Саксонии). Фамилию давали человеку, который оттуда родом или владел там землёй. В Российской империи такие фамилии встречались среди остзейских немцев, обрусевших немецких колонистов, а также у евреев, которые при переходе к постоянным фамилиям в начале XIX века нередко брали искусственные «ландшафтные» фамилии по названиям городов или замков (ср. Розенберг, Гольдберг, Эпштейн).

Обратите внимание на суффиксальную модель: в русском языке эта фамилия стоит в «чистом», несклоняемом виде (как Шнакенбург, так и Шнакенбурга). Это типично для немецких фамилий на -бург, которые в России не получили славянских суффиксов -ов или -ин. Если бы фамилия адаптировалась по русскому образцу, она звучала бы как Шнакенбургов, но этого не произошло — она сохранила исходную немецкую форму, что говорит о сравнительно позднем закреплении или о том, что носители долго сохраняли немецкое самосознание.

Спорных версий здесь немного. Можно предположить, что в основе лежит не топоним, а прозвище — «человек из комариного замка» (ироничное, возможно, насмешливое), но для немецкой ономастики это нетипично: фамилии на -бург почти всегда указывают на конкретное место. Правдоподобнее всего версия с городом Шнакенбург в Нижней Саксонии, известным с XIII века. В любом случае, русский носитель этой фамилии почти наверняка имеет немецкие или еврейские корни, и его предки вряд ли были крестьянами — скорее горожанами, ремесленниками или мелкими дворянами, переселившимися в Россию в XVIII–XIX веках.